《游戲王-怪獸之決戰》改編自漫畫《游戲王》，于2000-2004年之間在東京電視臺播出。故事以漫畫劇情為主，但因為半途漫畫故工作節進度跟不上，故加插大量漫畫沒有的劇情和人物。此舉為脫離“原作”獨立創作故事奠定下基礎。 　　決戰者王國篇 　　一卷神秘的錄像帶，千年神器中千年眼的擁有者，貝卡斯·J·克羅佛多在錄像帶中行使黑暗決戰向武藤游戲挑戰，但武藤游戲卻因為時間終止而敗北，武藤雙六的靈魂也因此被千年眼的氣力封印在靈魂封印卡中（漫畫版為貝卡斯寄給游戲的錄像帶），武藤游戲為了救回靈魂被囚禁的爺爺，與伙伴們前去決戰者王國找貝卡斯決戰，與互信的伙伴們以及心中的另一個自己并肩作戰。 　　戰斗城市前篇 　　決戰者王國一戰結束，武藤游戲的知名度瞬間上升，神秘的埃及石板來到日本展覽，牽扯出千年神器的秘密、三千年前的戰斗、三張神之卡，還有隱藏在千年積木中的無名法老王的記憶，海馬瀨人在一個機緣下得到了神之卡的此中一張：歐貝利斯克的巨神兵，而他為了得到殘剩的二張神之卡，在童實野市舉辦了戰斗城市大賽，并且以賭牌當作規則，同時新的次世代決戰盤也跟著表態，而武藤游戲為了尋找心中的另一個自己的記憶，也就是無名法老王的記憶，必須搜集三張神之卡，也參加了這場大賽，各路好手為了搜集六張拼圖卡，得到最后的參賽權，紛紛展開決戰；神秘的古魯斯集團派出的蕾雅卡獵人也參雜此中。 　　乃亞篇（動畫原創） 　　戰斗飛行船行駛野生島的途中，飛行船系統卻遭受到外來的入侵改寫了系統，因而改變了航線，阻擋在武藤游戲等人面前的這個巨大機動要塞究竟是甚么？而又出現了神秘的人，自稱是“五巨頭”，他們還要武藤游戲等人的身體，一場賭上各人道命的決戰，而他們又發現五大老的頭，叫乃亞的小孩，倒是剛三郎（海馬的養父）的兒子??！一場大戰行將展開。 　　戰斗城市后篇 　　戰斗城市最終決戰開始，每個決戰者都各自有戰斗的理由，城之內為了成為真實的決戰者、救出被馬利克進行黑暗游戲懲罰的孔雀舞，海馬為了與宿敵游戲決戰、為了鏟除可惡的古魯斯首腦并得到太陽神、為了完成海馬樂土的夢想，游戲為了實現與城之內的諾言、與海馬宿命的對決、救出被暗馬利克施予黑暗游戲懲罰的人們、更為了自己遺失的記憶，他向馬利克宣戰。 　　多瑪篇（動畫原創） 　　戰斗城市結束后，武藤游戲遭受到了不知名氣力的阻擋，而三張神之卡也被名為多瑪三劍客的人搶走，這個神秘的多瑪組織搶走神之卡的目的究竟是甚么，神秘的卡片——“奧利哈剛的結界”擁有的黑暗能量，又會帶給行使這張卡片的人甚么樣的改變；黑魔導女孩從精靈的世界降臨，向武藤游戲請求援助，人類世界與精靈世界的命運會如何，無名的傳說之龍又會怎么樣的幫助游戲等人。 　　海馬集團大賽篇（動畫原創） 　　多瑪事務結束后，武藤游戲和同伴因沒錢回不到日本，無奈之下請求海馬公司，卻鬼使神差的參加了海馬集團為維護聲譽的比賽。全世界的決戰者聚集在這，一場另具匠心的比賽就此展開。 　　王之記憶篇 　　為了尋找寄宿在千年積木中無名法老王靈魂的真實姓名與記憶，武藤游戲與朋友們踏上了埃及之旅，在記憶石板的背后，解開了無名法老王的過去記憶，暗貘良也趁此時捋臂張拳，行使了千年智慧輪的黑暗氣力，在千年積木內進行了一場黑暗RPG，這場黑暗RPG游戲中，直接以無名法老王的記憶當作背景，暗游戲必須從這場黑暗游戲中找回自己的真實姓名、得知自己的過去，并且打敗大邪神佐克，再一次封印，否則大邪神佐克也會在現實世界中復活。 　　共有224集。