《游戲王-怪獸之決戰(zhàn)》改編自漫畫《游戲王》，于2000-2004年之間在東京電視臺(tái)播出。故事以漫畫劇情為主，但因?yàn)榘胪韭嫻使ぷ鞴?jié)進(jìn)度跟不上，故加插大量漫畫沒(méi)有的劇情和人物。此舉為脫離“原作”獨(dú)立創(chuàng)作故事奠定下基礎(chǔ)。 　　決戰(zhàn)者王國(guó)篇 　　一卷神秘的錄像帶，千年神器中千年眼的擁有者，貝卡斯·J·克羅佛多在錄像帶中行使黑暗決戰(zhàn)向武藤游戲挑戰(zhàn)，但武藤游戲卻因?yàn)闀r(shí)間終止而敗北，武藤雙六的靈魂也因此被千年眼的氣力封印在靈魂封印卡中（漫畫版為貝卡斯寄給游戲的錄像帶），武藤游戲?yàn)榱司然仂`魂被囚禁的爺爺，與伙伴們前去決戰(zhàn)者王國(guó)找貝卡斯決戰(zhàn)，與互信的伙伴們以及心中的另一個(gè)自己并肩作戰(zhàn)。 　　戰(zhàn)斗城市前篇 　　決戰(zhàn)者王國(guó)一戰(zhàn)結(jié)束，武藤游戲的知名度瞬間上升，神秘的埃及石板來(lái)到日本展覽，牽扯出千年神器的秘密、三千年前的戰(zhàn)斗、三張神之卡，還有隱藏在千年積木中的無(wú)名法老王的記憶，海馬瀨人在一個(gè)機(jī)緣下得到了神之卡的此中一張：歐貝利斯克的巨神兵，而他為了得到殘剩的二張神之卡，在童實(shí)野市舉辦了戰(zhàn)斗城市大賽，并且以賭牌當(dāng)作規(guī)則，同時(shí)新的次世代決戰(zhàn)盤也跟著表態(tài)，而武藤游戲?yàn)榱藢ふ倚闹械牧硪粋€(gè)自己的記憶，也就是無(wú)名法老王的記憶，必須搜集三張神之卡，也參加了這場(chǎng)大賽，各路好手為了搜集六張拼圖卡，得到最后的參賽權(quán)，紛紛展開決戰(zhàn)；神秘的古魯斯集團(tuán)派出的蕾雅卡獵人也參雜此中。 　　乃亞篇（動(dòng)畫原創(chuàng)） 　　戰(zhàn)斗飛行船行駛野生島的途中，飛行船系統(tǒng)卻遭受到外來(lái)的入侵改寫了系統(tǒng)，因而改變了航線，阻擋在武藤游戲等人面前的這個(gè)巨大機(jī)動(dòng)要塞究竟是甚么？而又出現(xiàn)了神秘的人，自稱是“五巨頭”，他們還要武藤游戲等人的身體，一場(chǎng)賭上各人道命的決戰(zhàn)，而他們又發(fā)現(xiàn)五大老的頭，叫乃亞的小孩，倒是剛?cè)桑êｑR的養(yǎng)父）的兒子！！一場(chǎng)大戰(zhàn)行將展開。 　　戰(zhàn)斗城市后篇 　　戰(zhàn)斗城市最終決戰(zhàn)開始，每個(gè)決戰(zhàn)者都各自有戰(zhàn)斗的理由，城之內(nèi)為了成為真實(shí)的決戰(zhàn)者、救出被馬利克進(jìn)行黑暗游戲懲罰的孔雀舞，海馬為了與宿敵游戲決戰(zhàn)、為了鏟除可惡的古魯斯首腦并得到太陽(yáng)神、為了完成海馬樂(lè)土的夢(mèng)想，游戲?yàn)榱藢?shí)現(xiàn)與城之內(nèi)的諾言、與海馬宿命的對(duì)決、救出被暗馬利克施予黑暗游戲懲罰的人們、更為了自己遺失的記憶，他向馬利克宣戰(zhàn)。 　　多瑪篇（動(dòng)畫原創(chuàng)） 　　戰(zhàn)斗城市結(jié)束后，武藤游戲遭受到了不知名氣力的阻擋，而三張神之卡也被名為多瑪三劍客的人搶走，這個(gè)神秘的多瑪組織搶走神之卡的目的究竟是甚么，神秘的卡片——“奧利哈剛的結(jié)界”擁有的黑暗能量，又會(huì)帶給行使這張卡片的人甚么樣的改變；黑魔導(dǎo)女孩從精靈的世界降臨，向武藤游戲請(qǐng)求援助，人類世界與精靈世界的命運(yùn)會(huì)如何，無(wú)名的傳說(shuō)之龍又會(huì)怎么樣的幫助游戲等人。 　　海馬集團(tuán)大賽篇（動(dòng)畫原創(chuàng)） 　　多瑪事務(wù)結(jié)束后，武藤游戲和同伴因沒(méi)錢回不到日本，無(wú)奈之下請(qǐng)求海馬公司，卻鬼使神差的參加了海馬集團(tuán)為維護(hù)聲譽(yù)的比賽。全世界的決戰(zhàn)者聚集在這，一場(chǎng)另具匠心的比賽就此展開。 　　王之記憶篇 　　為了尋找寄宿在千年積木中無(wú)名法老王靈魂的真實(shí)姓名與記憶，武藤游戲與朋友們踏上了埃及之旅，在記憶石板的背后，解開了無(wú)名法老王的過(guò)去記憶，暗貘良也趁此時(shí)捋臂張拳，行使了千年智慧輪的黑暗氣力，在千年積木內(nèi)進(jìn)行了一場(chǎng)黑暗RPG，這場(chǎng)黑暗RPG游戲中，直接以無(wú)名法老王的記憶當(dāng)作背景，暗游戲必須從這場(chǎng)黑暗游戲中找回自己的真實(shí)姓名、得知自己的過(guò)去，并且打敗大邪神佐克，再一次封印，否則大邪神佐克也會(huì)在現(xiàn)實(shí)世界中復(fù)活。 　　共有224集。