進入了明治時代，曾經的“劊子手拔刀齋”緋村劍心（佐藤健 飾）曾經習慣了神谷道場的安寧生活。誰知就在這一天，倒幕戰爭時的舊友——號稱維新三杰之一的大久保利通（宮澤和史 飾）將其請去。原來繼承了劍心劊子手身份的志志雄真實（藤原龍也 飾）當年被新政府背叛，僥幸活下來的志志雄正秘密籌措稱霸日本的恐怖計劃。大久保死后，深感背負不成推卸責任的劍心只身上路，在途中不但偶遇京都女忍卷町操（土屋太鳳 飾），還在新月村和志志雄有了第一次的遭遇。與此同時，相樂左之助（青木高尚 飾）、神谷薫（武井咲 飾）、明神彌彥（大八木凱斗 飾）、齋藤一（江口洋介 飾）也相繼趕往京都。陰云密布的時代，醞釀著一場席卷天下的風暴……本片根據和月伸宏的經典漫畫原作改編。