新干線超進化研究所為了從誕生于“漆黑新干線”的龐大怪物體手中守護日本的未來， 　　人們開發了“新干線變形機器人SHINKALION”。 　　具有與SHINKALION較高適合率的孩子們成為駕駛員， 　　與研究所員齊心合力，面對強大的敵人！ 　　究竟“漆黑新干線”的目的是……。孩子們能否守護日本的未來……。 　　變身！SHINKALION！