日暮戈薇是就讀于國中三年級的15歲普通小女生，某日，她有時通過家中神社的枯井來到了500年前的戰國時代。時狼煙四起，妖怪橫行，人間大地生靈涂炭。戈薇在御神木那里邂逅了被封印的半妖犬夜叉。50年前，意欲釀成真正妖怪的犬夜叉，為了得到四魂之玉結識擁有強大靈力的巫女桔梗。經過一段時間相處，兩人之間發生了感情。犬夜叉是以希望釀成人類，而桔梗也打算在凈化完四魂之玉后過回普通人的生活。然而，對桔梗心存邪念的盜賊鬼蜘蛛將靈魂和肉體獻給妖怪，繼而轉生釀成邪惡的半妖奈落。在他的一番挑撥下，犬夜叉被桔梗封印在神木之上，重傷的桔梗也在悲傷絕望中死去。 桔梗轉生的戈薇解救了犬夜叉，卻失慎將四魂之玉射成碎片。為了找回碎片，她和犬夜叉以及隨后遇到的伙伴：七寶、彌勒、珊瑚踏上了布滿艱難險阻的旅途……