1999年，由于數碼世界資料異常增生，導致數碼世界和現實世界的連接產生紊亂。地球上相應地出現奇怪的自然現象：東南亞沒有下雨，池塘全數干涸；中東卻因為連場大雨產生洪水；美國則遇到有史以來最寒冷的冬天。　　11歲的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（風間勇刀 配音）、武之內空（水谷優子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田愛 配音）、城戶丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一路加入了夏令營，一次意外卻被神秘地送到了一個多彩的數碼世界。在那里，他們得到了叫做“數碼寶貝”的搭檔。進入數碼世界后，八神太逐一行人遇到了兇暴的怪獸貝殼獸，眼看大家都要被抓住的時候，太一的亞古獸忽然進化成為暴龍獸，拯救了他們。進化究竟是怎么回工作？數碼世界究竟是甚么？無數的謎團出現在被召選的小朋友們面前，精彩的冒險就這樣開始了……