未來世界，人類文明高度發達，智能機器人大量涌現，已在日常生活中占據重要的地位，而且人類為了獲得永恒的生命，也嘗試將自己改造為機器人。同時，一列名為“銀河鐵道999號”的宇宙列車擔負起連接地球和宇宙文明的任務，星系從此不再遙遠。少年星野鐵郎（野沢雅子 配音）的母親被嗜好殺戮的機械伯爵殺害，他肩負母親的囑托，決議前去安達羅星云改造身體，為此不吝在車站搶奪他人的銀河鐵道999號車票，但是也因此邂逅了容貌與母親極其相像的梅蒂爾（池田昌子 配音）。憑仗梅德爾的幫助，他終于踏上999號列車，繼而展開一段布滿未知的旅程……本片為《銀河鐵道999》第一部劇場版動畫。