“鬼船”入港，下屬為明哲保身而欲以“水匪之亂”草草結案，狄仁杰卻隱隱覺得工作蹊蹺。大典在即，長安城人心惶惶，皇后命大理寺座沈銘三日之內結案，沈銘只好將破案壓力給到狄仁杰。督水監長官冷霽月也加入其中，在案發“鬼船”上又遇見舊識段言。此三人前往長安情報中間“下城”，獲得情報。一起探究，連翻長安地下兩大勢力終于找到秘密所藏之處——云窟。狄仁杰等人進去古陵云窟，連破機關陷阱，陷入絕境當中，狄仁杰依靠土層辨識找到出路，終于突破陽墓找到懷王與大月之遺族飼養龍鰲的陰墓。真相漸漸浮出水面，大典在即，各股黑暗勢力乘機而動，而狄仁杰早已明察秋毫布下網羅密布……