惡靈騎士羅比·雷耶斯（加布里埃爾·魯納飾）遭遇了已逃離神盾局的“震波女”黛西·約翰遜（汪可盈飾），他們一起研究了一處科學設施中出現的“幽靈”。與此同時神盾局也在調查此事，他們發現了神秘的黑暗神書，一本對于人類來說難以消化的知識之書。之后在一次意外事故中，菲爾·科爾森（克拉克·格雷格飾）、羅比·雷耶斯和萊奧·菲茨（伊恩·德·卡斯泰克飾）消失了，特工梅琳達·梅（溫明娜飾）轉向霍頓·拉德克里夫博士（約翰·漢納飾）尋求幫助，他們成功將被困的三人解救出來。　　拉德克里夫博士偷偷地制造了一個機器人艾達（馬洛里·詹森飾），她有能力來閱讀黑暗神書而不受到傷害，但在閱讀黑暗神書時，艾達將自己的核心指令與黑暗神書中的知識融合起來。之后艾達單槍匹馬將所有反對她的人用LMD（生命模仿替身）來替換掉并且將他們的思想上傳至一個數字世界——框架（Framework）。然而黛西·約翰遜和珍瑪·西蒙斯（伊麗莎白·亨斯屈奇飾）此時還沒有被替換，她們決定潛入艾達的框架并將被困在框架中的神盾局特工們解救出來。