汽車人和霸天虎的戰斗綿亙了幾個世紀都未曾結束，而他們的后代——巨無霸和原始獸，更將新一輪的戰斗推向了史前時代。在尋找新能源的途中，霸王龍（David Kaye 配音）指揮原始獸通過時空跳躍來到史前地球，而巨無霸也在擎天圣（Garry Chalk 配音）的帶領下尾隨而至。兩邊的拉鋸戰仍在繼續，不久連早已盤踞在該星球的外星人沃克人也卷入此中。而穿越時空者身上承載的未來的信息，讓外星人大為驚恐，由此使得戰斗更加激烈。在此以后，霸王龍發明了汽車人留在地球的戰艦方舟號，為了改變霸天虎戰敗的汗青，他們試圖摧毀處在沉睡中的擎天柱。攸關全宇宙命運的戰斗，在遠古時代提前拉開了序幕……