扣人心弦的《血色星期二》第二部再次席卷而來。天才黑客高木藤丸（三浦春馬 飾）這次又會遇到甚么棘手的問題呢？第一部的最后，藤丸和其朋友力挽狂瀾地阻止了病毒危急。而這次他們面臨的則是更加使人恐怖的核彈恐怖計劃。在病毒危急結束后兩年，受其影響的藤丸決議再也不碰電腦，可是他還是不行組織自己和朋友九條音彌（佐藤健 飾）、高木遙（川島海荷 飾）被卷入到新的計劃當中。載有核彈的飛機正在一點點向東京逼近，而東京的群眾卻毫不知情，為了避免東京遭遭到核彈的重創，藤丸和音彌不行不繼續開始奮戰。而他們所面對的除了老對手折原瑪雅（吉瀨美智子 飾）和神崎潤（成宮寬貴 飾）外，還有許多新人。而結果究竟如何呢？