故事產生在第一部的四年以后，此時特警K（湯姆?李?瓊斯 飾）已經退休，成為一位普通的郵局局長，而J（威爾?史密斯 飾）則繼續從事MIB的工作?？迳切皭号跎呱從葋淼降厍蛐枵矣钪婺芰俊八_塔之星”，占領了MIB的總部。而當年逃亡到地球的薩塔公主蘿娜曾請求MIB把 “薩塔之星”藏在地球，周全負責這件工作的K為了地球的安全，拒絕了她。面對來勢洶洶的蛇蓮娜，MIB派J去尋找k，調查當年事務的真相，怎樣說服失去記憶的K相信外星人的存在，成了J面臨的第一個難題……