真壁一騎是個生長在對日本而言十分鄉間的龍宮島上的少年──對他來說，像這樣的和平是普通到不行在普通的狀況。 但當由硅所構成的不明生物·異界體（Festum）開始攻擊龍宮島時，他才開始注意到他現在所擁有的和平生活但是只是個被創造出來的假象。 為了取回自己的和平生活，他和同伴開始一路搭乘人類所創造出來的巨大火器·法夫那（Fafner）和異界體戰斗── 在激戰的彼端，等待著他的是……