ネウロイの巣を破壊した戦いで魔法力を失った宮藤芳佳。501部隊が解散した後、彼女は故郷の扶桑へ戻り、久しぶりに平穏な日々を送っていたが、かつての上官だった坂本たちの計らいで歐州の醫黌舍へ留學することになる。海軍兵黌舍で坂本の生徒だった服部靜夏と一緒に再び歐州へ向かう宮藤。一方、かつての501部隊の隊員たちも各地に散り、それぞれの生活を送っていたが、宮藤の再渡歐や新たなネウロイの兆候をキッカケに、再び集まり始める。そんなとき、歐州を旅する宮藤と靜夏の前に、強大なネウロイが出現、宮藤はかつてない最大の危機に陥ってしまう