卡勒姆·林奇（邁克爾·法斯賓德 飾）在死刑行將執行之前清醒過來，發現他被索菲婭（瑪麗昂·歌迪亞 飾）選中，來加入一個能讓人類擺脫暴力沖動的計劃。虛擬現實機器Animus能讓用戶體驗祖先的記憶，被綁在機器上以后，卡勒姆·林奇意想到他是生活在西班牙宗教法庭時期一名刺客阿圭拉的后裔，他們尋找的是可以控制自由意志的伊甸園蘋果。索菲婭在父親艾倫（杰瑞米·艾恩斯 飾）施加的壓力下不情愿地操縱著卡勒姆·林奇回到過去尋找伊甸園蘋果在現代世界的著落，威脅著他身體和心理的健康。但在殺手同行穆薩（邁克爾·威廉姆斯 飾）暗示了卡勒姆·林奇，提醒他艾倫有可能念頭不純以后，卡勒姆·林奇開始重新考慮他的行為和念頭，而人類自由意志的命運也變得懸而未決……