曾經，一個高度發達的先進種族Ancient以地球為基地，幾百萬年前，不知甚么原因，他們離開地球去了某地，在南極只留下一個前哨站。在Jack O'Neill將軍用前哨站的一種Ancient武器消滅前來攻擊地區的Goa'uld人的艦隊之後，各國合作建立了南極聯盟，為研究前哨站里的Ancient科技、增進國際合作與和平而通力合作。在研究過程當中，他們發現了Ancient離開地球后所去的地方——飛馬座星系。因而，為了發掘被埋沒的歷史、探索未知的世界，各國組建了亞特蘭蒂斯探險團隊，通過星際之門到達了幾百萬年前從地球飛走的亞特蘭蒂斯城。　　但不幸的是，地球人的到來驚醒了一群統治飛馬座星系的怪物——Wraith，他們技術先進、體魄健壯，性情粗野殘暴，不講信義，而且以人類為牲畜，吸人生命。一萬年前他們打敗了Ancient并迫使其逃回地球，而探險隊也發現了一個驚人的事實：Wraith是Ancient試驗的產品！為了對抗強大的Wraith，亞特蘭蒂斯的小分隊不能不探索飛馬座星系諸星球，與飛馬的原居民聯系，試圖找到抵御Wraith的方法，經歷了一次次險象環生的旅程。　　【PS】　　《星際之門：亞特蘭蒂斯》（英文Stargate Atlantis，簡稱SGA）是作為Stargate SG-1的一個衍生劇集開始的。SG-1本準備繼續它的第7季和第二個故事片，可是當SG-1的第8季時，預定的電影變成了2集的季末終結篇"Lost City",Stargate Atlantis的設定也被移到了飛馬星系。[10] 這樣就能夠讓這兩個節目在同一個虛構宇宙中并存，以后這兩個節目甚至開始相互連接，基本上實現了觀眾想同時看兩個節目的愿望。這個節目是由大多數的SG-1原班人馬在同一個攝影棚里制作的。　　Atlantis于2004年7月16日在（美國）Sci-Fi（科幻）頻道初次演出，由en:Joe Flanigan和en:Torri Higginson主演，Rainbow Sun Francks、en:David Hewlett和en:Rachel Luttrell為配角。Hewlett與Higginson先前在SG-1中有角色。在Atlantis的第二季中，en:Paul McGillion和en:Jason Momoa（取代Francks）加入了常規演員的行列。該劇集已在第五季完結。