2285年，在與可汗的戰斗中損壞的聯邦星艦進取號，返回了地球的太空港以進行維修。柯克還在為斯波克的死感到悲傷。麥科伊大夫出現了種種異常的行為：如擅自闖入被封鎖的斯波克原來的艙房、胡說八道等，最后他被送進了病院進行精神檢查。斯科提被另分撥到了聯邦星艦精進號。星際艦隊指揮部 對新形成的創世星下達了禁入令。柯克被告知，進取號行將除役。　　斯波克的父親沙瑞克找到柯克并告訴他，斯波克的遺體必須返回瓦肯星，不然他的靈魂就不得安息。沙瑞克要求柯克必須回到創世星，尋回斯波克的遺棺并將它帶回瓦肯星——而斯波克臨死前與麥科伊進行了心靈融合，因此帶有斯波克靈魂的麥科伊也必須前去瓦肯星。　　可是，星際艦隊拒絕讓陳舊的進取號離開太空港。從病院出來后聽聞消息的麥科伊，詭計招募一艘飛船回到創世星。在與人爭持時他被逮捕，但這并沒有影響到整個計劃：在柯克、斯科特、蘇魯、烏乎拉和切科夫的幫助下麥科伊順利逃脫，并一同登上了被廢棄的進取號。為了避免被追擊，斯科提還破壞了精進號的引擎。六名伙伴冒著毀掉畢生奇跡的風險，駕駛進取號航向創世星。　　其間，克林貢人得知了創世計劃和創世星的消息。由于擔心聯邦將其改造為一種新式武器，克魯格船長率領一艘克林貢猛禽戰艦，去奪取或摧毀這一戰略性的武器。　　在聯邦星艦葛瑞森號上，戴維·馬庫斯博士與莎維可上尉在創世星的軌道長進行著科學觀測。他們很快便在地面上發明了生命形式，出于好奇心的驅使，他們倆傳送上了星球表面并發明了斯波克空蕩的遺棺。循著生命形式的讀數，他們發明了幼年斯波克的活體：成長速度奇快，但卻沒無意識或靈魂。　　克林貢人在此時也抵達了創世星，他們摧毀了葛瑞森號并抓獲莎維可、馬庫斯和少年的斯波克作為人質。紛歧會，進取號也抵達穆塔拉星區（Mutara Sector），很快就被克魯格與他的一群克林貢戰士攻擊到癱瘓。由于克林貢人威脅將奪去人質的生命，柯克利用了一個計謀來重新掌控局勢，但并未成功。戴維·馬庫斯隨后被克林貢人殺害。由于沒有其他的選擇，柯克只得向克林貢人投降。柯克為了重新占據優勢，拼命一搏啟動了進取號的自毀程序。進取號的船員隨后傳送上了創世星，目睹著進取號在一片亮光中毀滅，同時也捎帶上了克魯格大部分的戰士。　　柯克最終與他的團隊從克林貢人手中營救了斯波克與莎維可，并在與克魯格的一對一戰斗中殺死了他。由于創世星獨特的氣力，斯波克的遺體得以重生，并隨著創世星衰老的速度迅速地成長。在離開不穩定的創世星時，斯波克恰好達到死亡前的年齡。在登上奪來的猛禽艦時，創世星開始了猛烈的爆炸。　　在沙瑞克的庇護下，猛禽艦抵達了瓦肯星。在經歷了危險的“浮圖邦術”典禮后，斯波克的靈魂離開了麥科伊的意識回到了自己的身體中。典禮最終成功，復活的斯波克開始重新回憶他的過去與朋友。他問進取號的船員們，為何要冒著失去生命與毀掉奇跡的危險營救他；柯克告訴他，有些時候需要“犧牲小我，成全大我”。