遠古之神"大蛇"詭計滅世，因而發生了兩位救世巫女。兩位巫女經由一直地輪回轉世，相遇后以兩人之力封印住大蛇。而原本只是普通高中生、卻為"日之巫女“轉世的來棲川姬子以及"月之巫女"的轉世姬宮千歌音，為了再次封印大蛇，不能不想辦法召喚傳說中的劍神"天之叢云"。大蛇的八個家丁們(人道的八個黑暗面)為阻止兩人召喚天之叢云，而屢次對她們發動襲擊；這時，原本應該是"大蛇"之一、排名順序七的大神相馬因為暗戀姬子已久，而背叛了大蛇的意志，屢次地拯救她們，但卻又引發了另一場風波。一直輪回的兩人，無法分離的命運，這是身為“神無月之巫女”的命運。