故事發生在1999年，那個不詳的世紀之末。坐落在深山當中，由于不竭的發生靈異事務而被稱為“超自然學院”的私立學校里，迎來了它年輕強勢的新一任校長——神代瑪雅（日笠陽子 配音）。絕對不相信有超自然氣力存在的瑪雅，此行便是為了調查父親里奇的死因而來，這樣的她，遇見了一名名叫內田文明（水島大宙 配音）的神秘男子，方才登場的內田，便說出了讓瑪雅吃驚的話語，他居然來自未來的2012年！這個形跡可疑的男子的話能夠相信嗎？2012年的世界是怎樣的景象？連續串意外讓瑪雅逐漸相信了內田的說辭，而內田究竟為何而回到過去，這原因也漸漸的浮出了水面。