《骷髏人》的故事設定在一個"架空的時代"的"架空的日本"中，故事舞臺則是一個在被稱為"影之都"的巨大企業支配下的閉鎖都市舞臺。因遠古秘寶骷髏頭盔而擁有超能力的"反英雄"未知主角在這個架空的舞臺上，在正義與邪惡、光亮與黑暗、人類與非人類的瓜葛之間穿梭。作為黑暗英雄，一切的憐憫與同情都是過剩的。骷髏人并非是仁慈的正義英雄，在向他露出獠牙之前請考慮清楚。 骷髏人究竟是誰?這是本作品的一個特色，不到最后時刻是不會揭示骷髏人的真面目的。可能是主角?可能是貌似仁慈無能的神父?可能是大伴集團的骨干份子?可能是有名無實的警方?可能是路人A或提供情報者B?現在惟有等待動畫中可能提供的線索或一向看到最后……