以成為神奇寶貝大師為目標(biāo)，小智（松本梨香 配音）、小剛（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音）帶著各自的神奇寶貝在世界各地進(jìn)行艱苦的求學(xué)之旅，今天他們歷經(jīng)長(zhǎng)途跋涉終于來到了風(fēng)景秀美的米琪亞鎮(zhèn)。在當(dāng)?shù)匾粚?duì)小兄妹的先容下，小智一行前去神殿遺址游玩。誰知卻遭遇了極其危險(xiǎn)的情況。環(huán)節(jié)時(shí)刻，掌管時(shí)間的迪亞魯加和守衛(wèi)神殿的西娜（北乃きい 配音）、凱賓（岸祐二 配音）幫助了他們，能與神奇寶貝心靈溝通的西娜還熄滅了冥王龍的怒火。從西娜口中得知，締造了世界的神奇寶貝即將蘇醒，它不但會(huì)使時(shí)空扭曲錯(cuò)亂，還將為世界帶來毀滅性的災(zāi)難…… 本片為神奇寶貝系列第十二部電影戲院版。