平凡的中學生鹿目圓（悠木碧 配音）有一個美滿的家庭，在生活中她是個性格溫順又有愛心的好孩子。轉學生曉美焰（齋藤千和 配音）的出現打破了小圓平靜的生活，這個性格酷酷又體弱多病的黑長直少女似乎對小圓有著甚么難言之隱。命運中的相遇出現了，小圓在路邊救下了一只渾身是傷的奇怪動物 ，沒想到這只動物居然會說人類的語言。它告訴小圓它的名字叫丘比（加藤英美里 配音），并且提出了一個特殊的要求，它希望小圓能夠和它簽訂契約成為魔法少女。魔法少女是這個世界中一種特殊的存在，她們肩負著和魔女戰斗的任務，作為報酬，丘比能夠實現她們肆意的一個愿望。在戰斗的過程當中，小圓發明魔法少女這個職業并非故事里所描繪的那么美好，隨時有著犧牲的可能。并且，隨著戰斗的進級，一個關乎于她自己的殘酷真相正在逐步的浮出水面。