故事發生在一群被NIMH（國家智能研究中間）的小老鼠身上，人們利用這些老鼠進行智力開發之類的實驗。實驗進展得很順利，老鼠們都有了類似人類的智商，因而他們計劃出逃，可是在此過程當中一名勇敢的老鼠犧牲了......可是本片的故事講的并不是這個，而是那位英雄老鼠的妻子如何不畏危險保護自己孩子的故事。家里的小老鼠生了重病，鼠媽媽想辦法醫好自己的孩子，在途中偶遇了善良的烏鴉，又差點被壞貓吃了。終于經過一番冒險她成功的將藥帶回了家，可是她的冒險結束了嗎？她的孩子真的得救了嗎？