哥斯拉掉入三原山以后，日本過了5年平安的日子，可是自衛隊為了以防萬一，打算以哥斯拉的細胞為成分制作對抗哥斯拉的武器"抗核細菌"(ANB)，以及將之前與哥斯拉對戰時被摧毀的超級武器"Super_X"改造成為"Super X2"，此時哥斯拉在三原山里居然又開始活動，使得日本關東地區地震不竭，并且使得白神博士將自己女兒細胞跟玫瑰細胞混合的植物死亡，因而白神博士便進入ANB計劃，同時他將哥斯拉細胞與女兒細胞跟玫瑰細胞混合的植物結合制作了不死植物碧奧蘭蒂，可是在一次的事務當中碧奧蘭蒂被釋放出來并且在蘆之湖巨大化。此時三原山爆炸，哥斯拉再度出現，自衛隊無法阻擋哥斯拉 往東京方向移動，后來出動了"Super X2"使哥斯拉改變移動方向，可是在哥斯拉不間斷的攻擊之下"Super X2也敗下陣來，可是沒有想到哥斯拉此時卻朝著碧奧蘭蒂的所在地移動.....