革命歷228年，E.U.聯盟聯軍少校蕾拉·瑪露卡爾（坂本真綾 配音）和中尉阿基德（入野自由 配音）在巴黎期間逢兇化吉，將詭計綁架吉恩·史麥拉斯將軍（石冢運升 配音）的11區日本少年成瀨幸也（松岡禎丞 配音）、佐山流（日野聰 配音）和香坂彩乃（日笠陽子 配音）招募到W Zero部隊。在另一邊的帝國內，信·修加·夏音度（松風雅也 配音）成功篡位，被封為圣米迦勒騎士團的團長，即將迎來和阿基德的宿命重逢。E.U.聯盟對成瀨等人充滿不信賴感，時刻密切監視著他們。不久，聯盟決意將W Zero部隊空投至帝國的腹地華沙執行死亡使命。蕾拉堅持和阿基德以及新加入的三個戰士同往，等待他們的是圣米迦勒騎士團的強敵……