應(yīng)該是從遙遠的宇宙彼方K隆星來侵犯地球的KERORO小隊，在劇場版中卻將地球從可怕的危機中拯救出來……這一次，KERORO軍曹的面前出現(xiàn)了最新！最惡！最強的敵人！！故事講述冬樹與KERORO小隊一路去印加帝國的馬丘比丘足跡參觀，喜歡神秘事物的冬樹當(dāng)然是大為高興，可是KERORO的腦袋里面裝滿了要侵犯地球的工作。他們在那里因為迷路而發(fā)現(xiàn)了遺跡，后來因為突發(fā)狀況而不能不從那里逃出。但在那時，冬樹一瞬間看見了一名鵠立在迷途中的少女。抱著對少女的不解之迷，冬樹與KERORO回到了東京。但是這時，最強的敵人出現(xiàn)在了他們面前。樣子和KERORO如出一轍，但與KERORO差別天空対決戦ｔテンクウたい的是，他是要迅速且透徹地策劃侵犯地球的黑暗KERORO。他帶領(lǐng)著部下CIBABA、DORURU、MIRURU一路在世界各國開始了侵犯行動。而迎擊這一切的KERORO小隊的命運是？……