故事設定在一個身懷魔力的人類瀕臨滅絕的世界，武力的最高境界從利用白，轉而到利用魔法，繼而變成了利用槍械。就讀于培訓用以取締殘存魔力威脅的“異端審問官”專業機關——“對魔導學園”的男主角草薙哮，是個完全不會利用槍械，只靠一柄刀與敵人比武的另類。而他率領的第35試驗小隊又被稱為“雜魚小隊”，望文生義是由一群劣等生拼湊而成的團隊。某一天，擁有“魔女獵人”資格的超精英持槍高手鳳櫻花，竟然進入了這支隊伍。在帶領隊員動身執行回收魔導遺產的使命中，一場學園動作奇幻大作就此開始。