故事發生在箱庭學園，黑神目瀧（豐崎愛生 配音）是學園一年級的新生，作為學校里的學生會長，黑神擁有完美的外表，優良的成績，強健的身體和豐厚的家底，如此完美的女神，在朝氣蓬勃的校園里會遇見怎樣有趣的故事呢？　　人吉善吉（小野友樹 配音）是黑神的兩小無猜，兩人從小玩到大，彼此之間感情十分要好。作為支持率百分之九十八的學生會長，黑神聯手人吉善吉設置了“意見箱”，同好友阿久根高貴（浪川大輔 配音）、喜界島楓夏（芽野愛衣 配音）等人一路，解決校園中的各類疑難雜癥。然而，隨著黑神的權勢越來越大，一些不友好的聲音隨之而來。