《阿優之兔智來了2》的故事延續《阿優之神奇蘿卜》系列，故事講述的是阿U和他的小伙伴們看守的那顆巨大的超級蘿卜有天突然變小了，博士懷疑是巨石陣的土壤含有某種只對大蘿卜有感化的特殊物質，而現在這些物質已經受到了破壞，大蘿卜得不到營養開始萎縮。博士推測蘿卜島周圍的島嶼上必然還有同樣的土壤，可以讓大蘿卜恢復原狀。孩子們自動要求承擔這個尋找土壤的使命，為了幫助大家，博士送來一只名叫兔智的機器人，它不但智慧超群，還擁有各種能力，在珍愛蘿卜的過程當中發揚了重要感化。可是兔菲依舊不放棄自己的夢想，他帶領手下跳跳和甩耳開著飛行器一起跟隨阿U他們，發誓要得到超級蘿卜。