幽靜的輕井澤，金田逐一（松野太紀 配音）和七瀨美雪（中川亞紀子 配音）與邀請他們的好友——經營電腦系統公司井澤研太郎（內山昂輝 配音）會面。井澤的老主顧火祀集團的青龍社長不久前死于列車事故，在他遇難之前，家頂用于黑魔法的人偶消失，但事故當天一個斷成兩截的人偶突然出現， 與社長死狀千篇一律。井澤懷疑這是一路殺人事件，于是拜托金田一找出真實的兇手。在神秘的黑魔法公館中，金田逐一行見到了社長的養子曉（及川以造 配音）、九曜（宮野真守 配音）、星子（樸璐美 配音）以及黑魔法師黑瓜鬼門。人人都有嫌疑，人人都有不在場證明，而死亡事件仍在繼續……本片為金田一少年事件簿系列20周年紀念作品。