400多年前，峰巒迭嶂、古老原始的中國西南大山里，聚居著以天山族為首的侗、苗、瑤、傣各族山民。以產靈芝仙草享譽天下的天山堡，這天歡樂非凡，人們正在為堡主之子卡洛的滿月進行慶典。忽然，家人報告官兵已打進城來。原來是堡主之弟洪虎勾通官府來篡位奪權。為使天山堡后繼有人，堡主忍痛將少堡主卡洛和小郡主卡美拜托給老管家。老人不負所望，毅然將剛滿月的孫子和少堡主調換，讓兒子明偉帶少堡主去日本尋找故友玄藏。自己則痛斥叛賊抱孫跳崖身亡。10年后，逃亡日本的明偉在大俠玄藏的幫助下，將少堡主培養成了武功超群的小忍者，取名影丸。為給師父治傷，需到中國天山堡去取靈芝草，影丸挺身而出與師兄月丸、霧丸登上了回國的木船。他們風雨兼程奔向天山堡，途中解救了明珠和明德姐弟。他們成為好朋友，結伴前去天山堡。只顧趕路的5個少年被堡丁抓住，又被暗中珍愛他們的明偉所救。明偉萬沒想到這在這里碰上失散10年的新生兒女明珠和明德。悲喜交集的明偉將隱藏心中的往事告知了影丸。月夜下，明偉來到父親和幼子的墳前，遇上了妻子一手帶大的郡主卡美。明德得知爺爺是為影丸而死，心中氣憤便一人獨行，不意被堡丁抓住。為救明德，影丸等皆被生擒。正當堡丁對他們百般折磨時，玄藏大俠實時趕到。原來他就是早年怒打洪虎而在老管家幫助下逃亡日本的族人。他告知影丸，要他取靈芝草是假，替父報仇才是真。一場激戰過后，洪虎等得到應有的了局。天山堡又出現了10年前的歡樂，影丸深感明德一家為天山堡作出的巨大犧牲，毅然將堡主之位讓給明德，他大步向師父玄藏、月丸和霧丸離去的方向趕去。