「超能干探」描寫兩位至交好友，陳一賢(郭晉安 飾)及方志強(劉錫明 飾)，兩人至同道合一路考進了警察學校，后又分發到同一單位服務。強生性善良沒有心機，但處事有原則，不肯同流合污，因此屢遭局內同僚排斥。而好友賢則恰相反，他聰明機伶，做人有手腕、心機深，起嫉妒心重，為了名利不擇手段，因此很受同事長官器重。一次，強在緝捕行動中受傷，子彈貫穿心肺之間，奇跡式的存活下來，但卻從此發生了「超能力」。強連自己也不太能理解為何能夠「以眼代手」、「移形換影」或「電磁效應」。幸有一名奇人沈節(谷峰 飾)，教強控制自己的超能力。強與賢在一次緝捕歹徒的行動中，驚險萬分，賢失慎受槍傷，而強則在危機中，不知不覺的利用了超能力逮捕獲歹徒，強因而升職。阮雯原為賢之女友，她一心一意守在賢身旁，但賢卻因自私多次冷落阮雯，令阮雯若有所失。強自小暗戀雯，乃時時給予鼓勵；雯不受賢重視，找強傾訴，兩人愛苗漸滋生。賢嫉妒強的升職，雯又向賢提出分手，并坦言愛上賢，賢因此更加憤恨。強被長官指派為誘餌，險象環生中又以超能力捕獲歹徒，此時，高人石龍(王龍威 飾)出現，以高強的功力將歹徒滅口。賢親眼目睹石龍的超能力，乃告知強，強一時大意，將子己擁有超能力之事坦言告之；賢乃求見沈節，沈節一眼看穿賢心術不正，勸他勿接近石龍，以免誤入魔道。但賢因公事不順遂，巧遇石龍，石龍引誘他做徒弟，賢名利薰心，開始向石龍學習超能力。馬鳳兒(彭家麗 飾)因有時的機會，認識了強的母親關靜紅(蘇杏璇 飾)，兩人頗為投緣，紅不單將鳳兒帶回家，并要強照料鳳兒。鳳兒刁鉆活潑，初時常捉弄強，但逐漸領會強的忠厚后，漸愛上強。賢因得知鳳兒顯赫的身世，利用強結識鳳兒，賢漸對鳳兒發生情愫，但鳳兒卻對賢沒感覺，唯對強情有獨鐘。而雯雖屢遭鳳兒言語及行動騷擾，卻始終默默忍受。賢與強被分為差別的二組，共同打擊犯罪。但兩組組長處事分歧，導致兩組人馬處處搶功；在共同追查一樁重大刑案時，石龍因參與其中，龍要脅賢干出殺人勾當，自此，賢身陷魔道而不行自拔。強之師父沈節原是大陸公安，來港為逮捕超能力高人石龍回大陸受審。強在奮不顧身的追查下，真相逐漸被解開，正當他掌握罪證據，卻被石龍攔截，龍正要向強下毒手時，幸好沈節趕到，雖打走了龍但卻身受重傷。鳳兒也為了救強而犧牲了生命。賢怕自己的業績敗露，不竭以超能力殺人，并設計陷害強，強雖知賢種鐘惡行，但顧念往惜情誼，不肯與賢決裂。龍見賢業績敗露，認為賢已無利用價值，欲殺賢，幸得強與節搭救。賢不知悔改，反而悟得更深之魔法，將石龍除去，并做惡不竭。強忍無可忍，故意將雯遣至美國，并將紅送回鄉間，在無后顧之憂后，痛下決定和賢展開一場生死大對決.....。