公元2029年，未來世界是高科技與信息化的世界。人類生活水平的提高陪伴著犯罪活動的高科技化，因而，專門鎮壓高科技犯罪的特殊部隊——公安9課成立了。隊長草薙素子，作為一名全身“義體化”的女警，帶領公安9課不竭展開行動。 是次，公安9課幫助公安6課秘密解決了一名程序員外逃他國的麻煩瑣事，又卷入傳說中的黑客“傀儡師”的犯罪事務。當行動陷入僵局之際，傀儡師竟然不速之客，出現在公安9課！素子與她的戰友們，不知不覺地被卷入了一場涉及政府的陰謀當中。