2022年——乃是忍者活躍期間的年代。 所謂的忍術，對于該年代的人們來說，那已經是個日常，但也是個布滿了新的運動競賽方式。 平常只是作為月薪制的工薪族生活，總是展現出被妹妹稱為 “廢物的是只擅長忍術吧” 的讓人受驚程度地狼狽萬狀的樣子的青年：神藏蓮太郎，他的另一個身份是與暗之忍者軍團·虹蛇相戰斗的傳說的忍者·假面騎士Shinobi。 這是一個暗中珍愛他人，斬除墮落者的年輕忍者故事。座右銘為——“忍字意為斬刃之心！”