在《劇場版物怪：唐傘》的激烈對決后不久，賣藥郎（神谷浩史 配音）再次現身，這次他來到了大奧的內庭。先前事務過后，這里正經歷一場動蕩。身世名門的女子大友牡丹（戶松遙 配音）接替歌山成為新任總管，并開始推行一種嚴謹而平衡的領導方式。這種高壓政策逐漸加劇了她與曾受天皇（入野自由配音）寵幸的資深花魁富貴（日笠陽子 配音）之間的關系日益緊張，兩人之間的裂痕日益加深。天皇的妻子有希子皇后（種崎敦美配音）所生的皇子即將選定監護人，一場突如其來的事務卻徹底顛覆了富貴的命運。她產下了一個被視為“不祥之子”的嬰兒，被年長重臣大友（堀內賢雄 配音）視為威脅，從而成為一場權謀陰謀的目標。在男權體系體例編織的權力之網中，好處抵觸與掩蓋真相的手段迅速失控。與此同時，奇怪的事務接連發生，人們無故自燃，瞬間化為灰燼。賣藥郎懷疑是物怪作怪，展開調查。然而，他所面對的，是一種神秘而不竭變化的群體性威脅。這個物怪的真實身份，正是火鼠（日根住配音）之子。他們不但攻擊人類，還似乎在尋找自己的母親，然而，這位“母親”始終不愿現身。火鼠為何專門針對那些危險新生兒之人？又是甚么樣的悲劇，讓她悲痛至極、自焚不止？賣藥郎深入大奧當中，揭開層層黑暗，追尋斬除物怪所需的三大要素：“形”、“真”與“理”，誓要揭示真相，平息災禍。