1998年，吳敏菲出演了個人首部電視劇《上海之戀》，由此開始演藝生涯
。2001年，參演古裝懸疑劇《無敵縣令》，飾演腹黑又毒辣的姜雨珊；同年，她還在現代反黑劇《絕不回頭》中飾演了男主角林龍麒的妹妹琦琦。
2002年，與于波、楊俊毅合作主演青春偶像劇《水晶之戀》，飾演心高氣傲、熱情奔放的大學生梅寶；同年，出演了個人首部劇情片《花眼》
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2004年5月17日，參演的古裝神話喜劇《喜氣洋洋豬八戒》播出，飾演第二單元 《情迷女兒國》中的女兒國國王金枝玉葉
；同年，她還在青春偶像劇《紫藤戀》中客串了女律師陳律霏。
2005年3月16日，出席愛情電影《桃花燦爛》在北京師范大學舉行的首映啟動儀式，吳敏菲在影片中飾演男主陸粞有精神疾病的妻子沈小妹
；5月，主演的古裝傳奇劇《褡褳王爺》拍攝完成，飾演調皮又愛鬧事的丫頭“小橘子”
；隨后，主演的都市情感劇《下一站是幸福》播出，飾演養女雷蕾，與王姬飾演的雷雅心演繹了一段感天動地的母女真情
；同年，與鮑國安合作主演的諜戰劇《如此多嬌》播出，飾演內心善良、為了完成任務連父親都不敢認的共產黨員趙小年，這是她首次出演個性溫和而內斂的人物
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2006年，與王學兵、童蕾合作主演都市情感劇《秘密》，飾演性格活潑的小明星林曉薇
；4月26日，發布單曲《稻草人》
。2007年，主演武俠系列電影《鏢行天下》，飾演家世敗落的權貴小姐沈飛燕
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《滇西1944》朱瑩瑩
2009年6月，在劇情電影《暴雨將至》中與李子雄合作，飾演一對熱心腸的父女
；8月，主演的軍旅勵志劇《今生欠你一個擁抱》播出，在劇中飾演善良無私的軍嫂林曉敏
；同年，與霍思燕、馮紹峰合作主演的家庭倫理劇《夫妻一場》播出，飾演敢愛敢恨的女記者梅琳
；此外，她還參演了賀歲喜劇電影《財神到》，飾演一位精神病人
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《天堂隔壁是瘋人院》小強
2010年1月28日，主演的歷史戰爭劇《滇西1944》在CCTV8播出，飾演漂亮又可愛的女兵朱瑩瑩
；3月，主演反映海西風土人情的電影《情人湖》，飾演女大學生于小丹
；3月19日，主演的懸疑諜戰劇《槍聲背后》播出，吳敏菲飾演了中國第一代女警花何蕓一角，周旋在兩位男主人公葉正龍和高青山之間，上演了一場內地年代版“無間道”
；5月，主演的現代勵志劇《花開的美麗季節》在CCTV8播出，在劇中飾演積極向上的大學生村官曹沐春，演繹了一段大學生村官酸甜苦辣的成長歷程
；8月24日，與張凱麗、黃小蕾等聯袂主演的家庭倫理劇《兒女冤家》播出，飾演性格潑辣、任性跋扈的兒媳于韶華
；9月，參演抗戰劇《特戰先鋒》，飾演英勇無敵的抗日女戰士黃云晴
；11月，吳敏菲參演了個人首部話劇《天堂隔壁是瘋人院》，在劇中反串飾演迷戀哈利波特的網絡作家小強
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2011年1月，在抗日諜戰劇《戰火太陽山》中出演女教師錢蘭一角，與王思懿、吳健等合作演繹了地下工作者在抗日戰爭期間的諜戰傳奇
；4月，主演涉案劇《無悔英雄》，飾演有男孩性格、上進、有責任感的刑偵女警
；7月，與侯勇二次合作主演海峽兩岸親情劇《兄弟?！?，飾演命運坎坷的傳統女性秀蘭
；7月15日，吳敏菲還獲得了“優酷影視盛典夏季盤點”的“新銳演員獎"
；9月，為趙燕國彰執導的電影《正·青春》獻唱主題曲《知了叫春》
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2012年7月28日，與于曉光、楊爍合作主演的抗戰劇《一門三司令》在湖北經視首播，飾演身份復雜的女情報員耿娟
；12月8日，主演的抗戰動作劇《利箭行動》播出，在劇中飾演英姿颯爽的諜戰女特工肖嫣
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2013年1月14日，參演的古裝劇《隋唐演義》播出，飾演風塵三俠之一、李靖的夫人紅拂女
；2月，做客訪談節目《星夢奇媛》，講述她熒幕下的甜蜜生活；4月23日，出演的古裝愛情傳奇劇《英雄》播出，飾演勾踐的異母妹妹明月公主。
2014年4月22日，吳敏菲領銜主演的新媒體電影《超能美少女》在老舍茶館舉行了開拍儀式
；4月28日，主演的抗戰劇《一個人戰爭》播出，在劇中飾演共產黨員蘭芝（后化名艾如歌）
；11月，與王琳、俞灝明、劉雨欣等合作主演家庭倫理愛情劇《多少愛可以重來》，吳敏菲出演事業有成、直言要做丁克的職場女強人林曉倩
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2015年1月31日，參演的都市輕喜劇《我們家的微幸福生活》在中央電視臺電視劇頻道首播，飾演飯館主廚王文竹。2016年1月，主演的公益性質舞臺劇《予青春》在“向文藝范看7”盛典活動中首演，吳敏菲與趙燕國彰扮演一對夫妻
。2017年，出演都市刑偵劇《天下無詐》，與《重案六組》的演員們在同一部劇中再次“合體”，飾演女騙子劉春梅
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2020年12月21日，特別出演的民國懸疑推理劇《拆·案》在愛奇藝播出，飾演病入膏肓的呂夫人和假扮呂夫人的杜若凝
。2021年11月16日，參演的都市情感劇《不惑之旅》播出，飾演因愛生恨的林婉柔。
