個人生活在馬曉晴剛到北京時，曾和北影廠的年輕導演路學長談過一場刻骨銘心的戀愛。馬曉晴和路學長同居了很長一段時間。能有個“窩”而不至于像北漂演員那樣到處租房，當時令很多北漂明星心生羨慕。馬曉晴回憶，1988年到北京拍《頑主》時就和路學長戀愛了，他那個時候得了太重的病，她很長一段時間在照顧他，后來拍《北京人在紐約》的時候就走了。他一直給我打電話，還不斷地寫信，最終我們還是認認真真分手了。之后，馬曉晴曾經歷過一段不同尋常的愛情，用她的話說就是，“他現在身在高位，說出來對誰都沒好處”。年輕的時候，馬曉晴一直喜歡比自己至少要大十歲以上的男人。后來愛情觀發生了巨大的變化。覺得愛情像游戲，要符合游戲規則，誰也不能徹底霸占誰。以后不想結婚，因為覺得不太適合結婚，不適合做家庭主婦。因為做家庭主婦會付出很多，想搞事業，不想要小孩，更不想領養。她看過一本書，作者說自己這一輩子注定斷子絕孫。她說她也是這樣。馬曉晴孤獨的時候，就會給朋友打電話或約朋友出來逛街，但是當走在大街上，再沒有人能認出她了，在北京的時候出門戴墨鏡，生怕有人認出來，到上海后也老戴墨鏡，后來她媽說別戴了，戴了也沒人認出你來。后來再也不戴了。馬曉晴看過很多書，家里的藏書也不少，正在寫一本小說，名叫《婦人日記》，這本小說源于孔子的這句話：“唯女子與小人難養也。”這本書會是馬曉晴情感經歷的真實寫照，但是等老了后才會寫完，因為她生命中經歷過的那些男人都還活著。2013年8月22日，薄熙來受賄、貪污、濫用職權一案開始審理，關于他的不少消息也不脛而走。據爆料，薄熙來此前曾與童星出身的女演員馬曉晴交往。而馬曉晴也在幾年前的采訪中提到自己曾與“身在高位”的某男子有過一段情，2008年《南都周刊》對她的訪問中，寫到“記者無意中提到圈中人聊起馬曉晴的現狀，大意是她現在有點神神叨叨，對人說自己與某上層人士秘密談了好幾年戀愛”。馬曉晴也坦言：“這些事情過去了，我不想再提那個人了，嗯，怎么說呢，那個領域跟娛樂的領域是不同的，說出來對你對我都不好。”在《成都商報》的采訪中，馬曉晴指出“那個人”是“身在高位”，此外不愿透露任何信息。

　　獲獎記錄
　　榮譽獎項
　　1997第17屆中國電影金雞獎最佳女配角獎我也有爸爸（獲獎）
　　1991第11屆中國電影金雞獎最佳女主角獎北京，你早（提名）
　　1989第12屆大眾電影百花獎最佳女主角獎神探寶蓋丁（提名）
　　1989第9屆中國電影金雞獎最佳女配角獎頑主（提名）

早年經歷
1968年馬曉晴于上海市一個知識分子家庭，
1979年，11歲的她被謝晉挑中出演《啊！搖籃》(飾演小湘竹)，從此踏上演藝之路。拍完《啊！搖籃》后，馬曉晴的腦子里開始萌生出長大后當明星的夢想。高中畢業前的馬曉晴拍了7部兒童片，成了當時全國名副其實的小童星。
1986年馬曉晴不顧家人的反對，考入了上海戲劇學院，但是在1988年，馬曉晴做出一個大膽的決定———退學，正好那一年，峨影廠的米家山導演來找馬曉晴演電影《頑主》，學校也堅決反對，馬曉晴就退學了，只身來到北京發展事業。先后參加演出了《頑主》、《女神探寶蓋丁》、《馬路騎士》、《北京，你早》、《離婚大戰》、《喜劇明星》等電影。從采訪中了解到，她說她如果不做演員就做天文學者。從她飾演的一些熱情、可愛和迷迷糊糊的女性角色中雖能感覺得到她是個真誠、坦白、直爽的人，但總覺得她應該是個挺“熱鬧”的女孩，她直言她感情上的孤獨和彷徨，這種感覺可能許多人都有。
演藝經歷
1988年7月，馬曉晴到北京拍王朔小說改編的同名電影《頑主》，她把這部影片稱為自己的第一部成年影片，她說當時根本不知道王朔。因為在《頑主》中的出色表演，馬曉晴獲得1989年金雞獎最佳女配角唯一提名。那屆金雞獎的評委會主席正是帶她走上電影之路的謝晉，“謝晉導演當年提出，不要頒獎給我，讓年輕女演員這么早就得到大獎，她們拿了獎就會往外國跑。”當時有將近半數金雞百花最佳女演員得主拿到獎后都出國，其中就包括陳沖、張瑜、斯琴高娃、龔雪等。與大獎失之交臂，馬曉晴竟然一點也不恨謝晉，謝晉是她的開門祖師爺。
1992年，馬曉晴參加電視劇《北京人在紐約》的拍攝。
1997年，她憑借在《我也有爸爸》中的出色表現獲得第17屆金雞獎最佳女配角，成了那個年代炙手可熱的女明星。在很長一段時間里，馬曉晴體會到了什么是“走紅”，“那時我出門要戴墨鏡，經常會有服務員站在旁邊，看著我吃飯，沖著我嘿嘿地傻笑，我就說：‘你們不要再對我笑了，嚇死人了，飯也吃不下了。’”
1999年，她在北京演賴聲川的話劇《他和他的兩個老婆》，當時穿著三點式就上臺了，當時挺轟動。馬曉晴和父母住在一起，過著沒有男人的生活。
馬曉晴走紅后，個人生活完全暴露在公眾的視線下，她逐漸減慢了拍戲的速度，2000年后，她從北京回到了上海，逐漸淡出觀眾的視線，變得越來越沉寂。2002年，馬曉晴自立門戶當起了導演，但是由她自編自導的電影《花店》最終沒能拍成，這是馬曉晴的一個遺憾。《花店》講述了一個開花店的女孩與服裝設計師、警察、歌手、農民工四種不同男人之間的感情糾葛。
回到上海后有幾年，馬曉晴幾乎斷絕了與演藝圈的所有聯系。電影傷透了她的心，曾經一度不能談電影，跟誰也不能談，一談到電影她就惡心，想吐。
2006年，馬曉晴執導了電影處女作《少女》，同年這部電影在央視電影頻道播出，影片中的故事改編自她的親身經歷。馬曉晴說這部影片講的是一個斷送了的愛情，在這部電影中，她豐富細膩的情感得到了表達，把情竇初開的青澀、惶恐、逃避和矛盾復雜的心情表達出來了。馬曉晴說，影片中女孩子和男孩打架的場面，是她小時候的親身經歷。
2008年1月，馬曉晴開始著手寫電影劇本《素馨》。馬曉晴回到上海后，看到了很多人和事，她經常看新聞，《素馨》也屬有感而發。