故事發生在距現在不遠的未來，我們人類所了解的世界看上去并沒有發生太大的變化，但是近來世界各地不斷有“異生獸”作亂的報告。為了暗中解決這個問題，成立了世界性的防衛組織TLT。他的日本支部被稱為TLT-J。而TLT-J的下屬組織就是夜襲隊NR(Night Raider)。他們的任務就是秘密的消滅異生獸。新的敵人異生獸突然出現在擁有驕人戰績的夜襲隊面前，他們陷入了苦戰。這時，光之巨人奈克瑟斯奧特曼登場了。奈克瑟斯奧特曼的適能者·姫矢準也出現了。奈克瑟斯利用相位的褶曲，制造出屬于自己的戰斗空間“美塔領域”。他在巨大化后，將異生獸拉到這個空間內進行戰斗。而且，ＴＬＴ的特殊飛行器合體后也可以進入這個空間，與奈克瑟斯一起作戰。TLT的新隊員，孤門一輝，與和倉隊長以及其他的隊員一起處理著繁忙的任務。可是自從他遇到姬矢準后便對自己的任務已經周圍的環境產生了疑問。組織究竟隱藏著怎樣的秘密、隊員們的過去又是如何的、奈克瑟斯和異生獸的原形到底是什么？???孤門和姬矢準建立了深厚地友誼，并一步步地開始揭開謎底。