反恐特戰隊隊長鐘原（黃維德飾）在執行任務中，擊斃猛犸組織二號人物引來復仇。在解救妻子趙欣（牟星飾）的行動中鐘原被注射病毒倍受折磨。DK生物公司董事長江寒（何晟銘飾）邀請初戀情人、生化專業高材生的趙欣及其父親參加公司“有益菌”研究。反恐指揮中心根據T國請求選派“專家”潛入公司。痛失愛子的趙欣主動請纓“退出現役”、深入虎穴。接二連三的恐怖事件，使“新紀元計劃”逐漸浮出水面。被病痛折磨的鐘原率領喬大鵬、麥萌萌等特戰隊員絕地出擊，在愛妻趙欣和五年前“失蹤”的戰友陸豪的配合下，成功粉碎了恐怖組織連環陰謀和生化襲擊，揭開了江寒以“有益菌”為載體制造病毒的真實面目。